1. 境界の日

ダンジョン深層のモンスター、イヴィル・グランドデュークの襲撃を退けた総合演習から2か月、ウィルたちリガーデン魔法学院6年生は“塔”への進学をかけた筆記試験を迎える。しかし、その最終試験でエドワルドが提示したのは衝撃の問いだった……。一方、“魔導の央都（ウルブ・リガーデン）”では年越しの祝祭“境界祭（テ ルミナリア）”が始まっていた。賑わう人々が見守る中、“至高の五杖（マギア・ヴェンデ）”が新たな大結界を張り巡らせる。だが、その時…、夜空に不穏な魔法円（マジックサークル）が出現する。

2. 地獄の開宴

突如湧き出た深層のモンスター・ディノボロスの群れ。祝祭から一変して、央都は地獄と化すが、狙いは自分たちであると察知した“至高の五杖（マギア・ヴェンデ）”は“塔”から動けずにいた。魔法を無効化する“魔導士（メイジ）殺し”を持ったハイディノボロスの前になす術なく倒れゆく央都の警備部隊。コレットや土の民（ ドワーフ）、そして立ち上がったウィルが決死の抗戦をする。しかし、その激闘をあざ笑うかのように首無しは魔法陣を起動。40層の特異種（ノートリアスモンスター）であるディヴェンデをウィルたちの前に出現させるのだった！

3. たったひとつの魔法

ウィルを守るため目の前で犠牲となったロスティ。ウィルは、間一髪でワークナーに救われるが、その光景に我を失ってしまう。エドワルドら魔導士（メイジ）たちも命懸けで前線に立つが、ディヴェンデの出現により央都の防衛は崩壊していき、魔の手は“塔”に迫っていた。魔法が使えない自らの無力を嘆くウィルの前に、剣を携 えたフィンが現れる。ウィルが持つ、たったひとつの「魔法」――その魔法の名を問い、フィンはウィルの眼前に剣を突きつける。

4. そして始まる物語

フィンに導かれ自身に宿る力を覚醒させたウィルは、白銀の光を纏って央都のモンスターを切り裂いていく。目指す先は特異種（ノートリアスモンスター）・ディヴェンデ。“魔導士（メイジ）殺し”を振るう怪物に、剣を手に、ひとり対峙する。これまで“無能者”と蔑んできたウィルの戦いを目の当たりにして、心動かされる魔法 学院生たち。彼らの声援をその背に受けて奮闘するも、ディヴェンデの猛攻により、ウィルの剣は真っ二つに折れてしまう。

5. 旅立ちの日

“杖”と“剣”の力を合わせた“魔剣（ウィース）”の一撃によりディヴェンデを倒したウィル。死傷者を多数出し、敵の首謀者も分からぬ中、それでも央都は復興へと動き出していた。そして迎える魔法学院卒業の日…。ロスティを失い、“塔”への道筋を絶たれたウィルの前で、“塔”進学者の名前が静かに読み上げられてゆく― ―。

6. 第一開祭（ファースト・ブルーム）

ついに、エルファリアが待つ“塔”へ足を踏み入れるウィル。第一階節に広がる街“無色の庭（カラーレス・ガーデン）”に浮かれるのも束の間、“塔”内の各派閥から『色』の祝福を受ける儀式“開祭”が始まる。在学中にスカウトを受けていたシオン、コレット、リアーナ、イグノールは祝福により、“無色の始服（カラーレス・ グロリア）”がそれぞれの派閥の色に染まるが、スカウトのないウィルとユリウスは無色のまま。派閥に所属できない魔導士は“塔”を支える歯車として一生をおくることになるという現実を知り、ウィルたちは――。

7. もう下を向かないと彼は言った

“塔”の各派閥に自らの価値を示す“第一開祭（ファースト・ブルーム）”が始まる。ウィルとユリウスが目指すのは氷の派閥からのスカウト獲得。ユリウスの魔法を剣に取り込み、式場に召喚されたモンスターを“魔剣（ウィース）”で圧倒するウィルに、氷をはじめ5つの派閥からスカウトが集まるが、ウィルの派閥入りを上院首 長のクロイツが制止する。ウィルに僅かでも魔導士（メイジ）の素質があるのか示させるため、クロイツは魔力をもって攻撃しなければ倒せない魔法生物、ウォース・ウーズとの戦いを命じる。

8. 魔女の教え

ウォース・ウーズを魔法の力で倒さなければならない――1週間後の“第二開祭（セカンド・ブルーム）”に向け、ウィルはユリウスの力を借り、剣に魔力を定着させる特訓に力を注いでいた。一方、クロイツはウィルとその“魔剣（ウィース）”の力を手中にすべく、刺客を放つ。上院の上級魔道士（ハイ・メイジ）がウィルとユリ ウスに迫るが、そこに謎の魔女が助けに現れて――。

9. めくられる頁（ページ）

謎の魔女・ケリドウェンの隠れ家へ招かれるウィルとユリウス。彼らの教師を買って出たケリドウェンは、ウィルに“魔剣（ウィース）”の課題を教え、“魔剣（ウィース）”の原点を見つけるためウィルの中に眠る“記憶”を辿る旅へと導く。幼きエルファリアと過ごすとある1日の記憶――その中で２人は森に『怪物退治』に出掛 ける…そこで起きた出来事、そしてウィルの大切な『想い』とは！？

10. 想い、花開き、轟く

“第二開祭（セカンド・ブルーム）”に挑むウィルとユリウス。“塔”の上級魔導士（ハイメイジ）、そして“至高の五杖（マギア・ヴェンデ）”の視線を一身に浴びて、ウィルは再びウォース・ウーズに対峙する。幼き日にエルファリアとともに作り出した魔法。“剣”の原点を想い起したウィルは、自らの力で“魔剣（ウィース） ”を想填する。

11. 氷雷咆哮

エルファリアがウィルを氷の派閥に迎え入れようとした瞬間、“雷公の杖（トルゼウス・ファッジ）”ゼオが横からウィルを奪う。エルファリアは怒りをあらわにし、開祭式場は一転、“至高の五杖（マギア・ヴェンデ）”同士による壮絶な戦場と化す。大規模な氷魔法を連発するエルファリアと、圧倒的な速さと力で対抗するゼオ。 戦いの途中で目を覚ましたウィルは、自分を巡る戦いが繰り広げられていることに戸惑う。魔法界の頂点による激闘はついに最上位魔法の撃ち合いに展開し――。

12. 終わらない物語（ユメ）

ウィルを巡るエルファリアとゼオの激闘は、最上位魔法の撃ち合いを経ても決着がつかず、式場は壊滅状態。なおも死力を尽くす2人の間に “光皇の杖（マステリアス・ノア）”アロンが割って入り、ある方法で決着をつけるよう言い渡す。そして“第二開祭（セカンド・ブルーム）”が終わり、派閥入りを互いに称え合うウィルたち。祝賀会のさなか、ウィルはワークナーの手引きで“塔”の外へ連れ出され、『とある女生徒』に引き合わされる。