1. 黒イ雪

1910年代…大日本帝国陸軍により設立された学校——陸軍栖鳳中学。そこは軍事利用可能な力を手に入れるべく各地の超常現象を収集・研究する特殊機関だった。栖鳳中学三年生の岩元胡堂は軍の訓令により各地の調査を行う。今回岩元が向かった先は『黒イ雪』の降る村。そこで岩元は地下牢のような石垣で暮らす儚げな少年と出会 う。痛みの記憶を消す不思議な超常現象との繋がりは如何に…！？

2. 縁切りノ鎌

学長の命によりとある神社の御利益について『追加調査』に向かった岩元。そこには既に『前任者』である原町海がいた。能力も分からず掴みどころのない原町に戸惑う岩元だったが、彼と共に神社の調査に向かう。そこにあったのは人々の恨み言が書かれた鎌、通称『縁切りの鎌』がびっしり刺さった巨木だった。鎌を刺した者の「 願い事」を叶える不思議な力が巨木にはあるというが、その超常現象の正体とは…。

3. 蟲愛ヅル君

栖鳳中学・前線部隊の宿舎に突如現れた巨大な『蟲の繭』。一夜にして現れ、様々なものを巻き込んだその繭は一目で分かる異形だった。前線部隊を束ねる鳩柳先生はその有様に激昂し、隔離施設の生徒の仕業と決めつける。岩元は隔離施設の濡れ衣を晴らすため事件の調査を行うが、その意外な結末とは…！？そして学長の命で『屍 人伝説』の調査に向かった岩元の前に現れたのは不登校気味の後輩、天羽総一郎だった。

4. 屍人伝説ト瓦斯工場

『屍人伝説』の調査を行う岩元と天羽。怪しい黒服の一行に交じって瓦斯工場の中に潜入した二人が見たのは、凍った遺体を砕く白衣の男達だった。彼らの行動に激昂する岩元に対し、淡々と彼らが語り出したのは衝撃の事実で…！？そして学長からの命により料亭『龍宮城』へ向かう岩元、原町、天羽の三人。到着した彼らが見たの は大量の遺体と黒い薔薇。そして突如、顔に黒薔薇を咲かせた男が立ちはだかる。

5. 神殺シノ炎

飛沫原との死闘に勝利したのも束の間、突然現れたのはウィスキーを片手に持った英国人・ウォーターガンだった。大英帝国から岩元を「推薦」するため遥々日本にやってきた彼は、岩元を連れ帰ろうと襲いかかる。自称スペックマニアで水を操る能力を持つウォーターガンに対し、炎を操る岩元は分が悪く苦戦してしまう。そしてウ ォーターガンに捕まった天羽は決死の行動に出るが…!?

6. 魔女ノ侵攻

ロンドンの女学校——その古い旧校舎には英国中の魔女たちが集まっていた。英国女王の旗の下、能力者争奪戦…「裏の世界大戦」が動き出そうとする中、岩元たちは“仏像の森”にいた。物体を複製する能力者がいるというその森の中で、突如現れる英国の魔女たち。シャボン玉を繰り出すクリスタルに硬貨使いのイグニィ、強力な 茨を操るローズマリィ。彼らに苦戦する岩元、原町のもとに駆け付けたのは心強い後輩だった…！

7. 残響ノ廃音

英国魔女軍団に苦戦を強いられる岩元、原町の前に現れたのは栖鳳中学二年生・佐々眼流雨だった。雨を操る佐々眼と茨を操るローズマリィとの激闘が始まる。明かされる佐々眼の過去と彼の秘めたる能力とは…。そして『龍宮城』事件以降、栖鳳中学で眠り続けていた天羽がついに目を覚ます。不登校気味だった天羽が初めて隔離施 設を訪れ、岩元が後輩たちに込める思いを知る…。

8. 通称・怪奇箱男

次の調査の助っ人として現れたのは栖鳳中学四年生・奥秋雄弐。獅子のような見た目で岩元とは正反対の性格をした奥秋は、その強引な手腕で隔離施設の面々をある怪奇へと誘う。それは箱を抱えて旅する男、通称『怪奇箱男』だった。箱男が現れるという温泉郷へ赴き、温泉に食事にすっかり満喫する後輩たちだったが、突然一人、 また一人と姿を消していく…。箱男の持つ能力とは一体…。

9. 隙間男ト箱男

箱男を追い詰めた矢先、突然柱から現れたのは栖鳳中学二年生・山崎枢だった。実は彼は箱男の弟で、兄を助けに来たのだった。箱男と共に柱の中に吸い込まれていく様を目の当たりにし、あっけにとられる岩元と奥秋。そして語られる「怪奇箱男」の物語。師匠である父親と舞台で輝く箱男、そして兄に憧れる幼い枢…。そんな三人 家族に起こった悲劇とは一体何か。箱男の能力「地獄巡り」の正体とは…。

10. 同時多発流星事件ト電波物件ト念写男

優れた念写能力を持つ栖鳳中学四年生・筆岸蛉は橘城先生の役に立つべく日夜念写を描き続けていた。そんな中各地で同時多発的に流星事件が発生。筆岸の念写を元に岩元たちは元凶を突き止めるべく、長野県のスイカ畑へと向かう。そこで再会したのは魔女軍団の面々だった…！そして岩元が橘城先生の部屋で見つけた大量の「忌ミ 屋」の念写。奇しくもひょんなことから「忌ミ屋」を見つけてしまった天羽の運命は如何に…！？

11. 毒男

原因不明の集団食中毒が発生した聖導女学院で生徒の警護を行う栖鳳中学の面々。食中毒は「毒男」の仕業だと疑う奥秋は生徒に服を脱がせて中身を確認しようとする。なぜなら「毒男」…それは能力者の死後、解剖により内臓を抜かれ生き返ったとされる存在だからである。果たして内臓のない人間など本当にいるのか。そして岩元 は麗しい金髪の女学生・瑠璃と出会うのだった…。

12. 樒

瑠璃と共に聖導女学院の地下へと向かう翡翠。そこで見たのは両手両足を拘束された内臓のない、ミイラのような人間だった…！その拘束された人間に血を与える瑠璃。そして語られる毒男の物語。彼はどのように聖導女学院に辿り着き、これまで生きながらえてきたのか…。毒男に特別な思いを抱く岩元は、彼の壮絶な過去の中に秘 められた決意と真相に辿りつくことができるのか。