1. 獅郎とユリ

人工虚無界の門が完全に開き、多くの人間が悪魔を見るようになったことで物質界は混乱に包まれていた。その中で、雪男は正十字騎士團から離反しイルミナティへ向かう。自分たちの出生の秘密を知る必要があると決意した燐は、メフィストの手引きで40年前の過去へと旅立つ。廃工場で暮らす孤児のユリと、十三號セクションの実 験体である獅郎。2人の出会いを燐は目にする。

2. 真実

火事で家族を亡くし行き場を失ったユリは、十三號セクションから脱走中の獅郎と出会った。行方を追ってきた祓魔師たちに連れ戻された獅郎は、メフィストに対しある要求をする。一方、悪魔が見えることから、祓魔師養成学校・アサイラムに収容されることになったユリ。二人の成長を見守りながら、燐はアサイラムと十三號セク ションの実態を目の当たりにすることになる。

3. 一人ぼっち

悪魔を祓うことが祓魔師の責務だと考える獅郎と、人を助けることが祓魔師の責務であると考え、悪魔とも友好的な関係を築くことを唱えるユリ。ユリの姿勢に獅郎は苛立ち、対立する。時が経ち、祓魔師認定試験に合格した二人。獅郎は念願であったアサイラム外での一人暮らしを始め、自由を謳歌していた。その様子を心配そうに 眺めるユリだったが、ある任務で二人は再び対立し……。

4. サタン覚醒

9年の月日が流れた。その時間は獅郎やユリ、リックたちにとって多くの経験を重ね、成長を促す日々だった。一方、十三號セクションではエリクサー実験が繰り返されていた。アマイモンが新たな憑依に成功するも、己に適した憑依体は未だ現れず、苦しみの中で物質への執着を強めていくルシフェル。だがそんな中、とある験体に 「森羅万象そのもの」である存在が受肉し――。

5. 身体より大事なもの

受肉後、凄まじいスピードで知識を吸収していった燐火は、己の存在を魔神・サタンと認識した。力を行使し、全てを意のままにしようとするサタンに対し、ユリは説得を試みるが、サタンはそれを拒絶。十三號セクションから姿を消す。エリクサー無しに憑依体を維持することは困難であるため、朽ち果てるのは時間の問題と考える 騎士團だったが、ユリはある決意を固めていた。

6. 俺さえいなければ

十三號セクションに籠城するサタンのもとへ向かったユリ。ユリを受け入れ、ともに生きることを選んだサタンは、二人での暮らしを手に入れるため十三號セクションを捨てることを決意し、配下に撤退を宣言する。ユリは脱出の準備を進める中で、十三號セクションに勤務するジェニと再会。サタンとユリの脱出計画を知ったジェニ は、施設にいる実験体の子供たちの解放を目論むが……。

7. 前夜

生まれたばかりの燐は青い炎を纏い、周囲の祓魔師を次々と襲った。その光景に酷く動揺し、悪魔の人格に乗っ取られかけた燐を、メフィストは現代のとある場所に送る。一方、騎士團を離れた雪男は志摩とともにイルミナティの空中要塞「境界の主（ドミナスリミニス）」に到着。幹部の藤堂誉に連れられ、ルシフェルと対面する。 その頃、しえみのもとに賢座庁の者が訪ねてくる。

8. 青い夜

突然目の前に現れた燐に元気をもらったしえみ。燐もまた、しえみの声に自身を取り戻し、全てを見届けるため再び過去へと向かった。過去ではサタンの憑依体の劣化が進行し、崩壊と暴走を始めていた。ついに始まる「青い夜」——。世界中の有力な聖職者たちが次々と青い炎に包まれる中、京都では明陀宗が、ヴァチカンでは三賢 者が、日本支部では聖騎士や獅郎が事態に対抗する。

9. 死闘

獅郎は降魔剣を使い、燐の悪魔の心臓を封印することに成功した。それにより燐は悪魔の本性と切り離され、ユリの腕の中へと戻された。しかし安心したのも束の間、聖騎士・アベルの身体がサタンに強制憑依されてしまう。ユリへの思慕が妄執に変わったサタンにはユリの言葉も届かない。感情を爆発させ、獅郎の身体を奪おうと迫 るサタン。獅郎は憑依を防ぐため、大胆な行動に出るが……。

10. 光

サタンを退け、騎士團の手を逃れた獅郎とユリ。しかしユリの消耗は激しく、燐と雪男に最後の言葉を残しこの世を去った。自責の念に駆られ生きる気力をなくした獅郎に追い打ちをかけるように、悪魔が襲う。一方、物質界からサタンが消え、憑依体研究の未来に絶望したルシフェル。全てを無に帰さんとするルシフェルの暴走を、 メフィストとシェミハザが阻止しようと試みる。

11. 約束

生きる気力を取り戻し、獅郎は燐と雪男を連れ日本支部へと帰還した。メフィストがサタンの仔を育てる計画を持っていると踏み、獅郎は双子を預けようとするが、メフィストはかつて交わした「約束」を突きつける。そしてメフィストは、憑依体を失い虚無界に戻ったサタンに対し、人間を害することを止めるよう交渉していた。し かしそこに力を取り戻したルシフェルが現れ……。

12. ありがとう

かつてのユリの言葉を思い出し、三角や長友たちを頼り、修道院で燐と雪男を育てるようになった獅郎。悪魔を見て怯える雪男には祓魔師になる道を示し、自身の力を制御できずにいる燐には料理を教え、やさしいことのために力を使えと諭す。やがて二人は中学生になるが、サタンに狙われ続けていた獅郎は日増しにサタンの声を耳 にするようになる。そして、運命の日が近づき……。