1. とらわれた夏目

小さな頃から、妖怪と言われるものの類をみることができ、周囲から疎まれてきた夏目貴志。祖母レイコの遺品「友人帳」に書かれた妖怪達の名前を返す日々を送るうち、たくさんの友人や大切な場所を手にしていた。しかし、多くの妖怪を統べることのできる友人帳を狙う妖怪は多く、ある日、猿面の妖怪達に襲われ、彼らの住む森 へと連れ去られてしまう。用心棒の妖怪・ニャンコ先生と共にその森から去ろうとする夏目だった。

2. 東方の森

東方の森でニャンコ先生を探すうち、的場静司にとらわれてしまった夏目。再び対峙した夏目と的場…。人と妖、たくさんの友人に囲まれ過ごす夏目には、的場が放つ言葉は全く相容れないものであった。合流したニャンコ先生と共に、的場の屋敷から脱出を試みるものの、的場に壺の中に封印されてしまった猿面の妖怪と共に、再び 捕えられてしまう。一方その頃、夏目が姿を消したと知ったヒノエと三篠は、東方の森へと向かっていた。

3. 小さきもの

ニャンコ先生との散歩の途中、子猫を助けたつもりの夏目が抱き上げたのは、毛玉の妖怪だった。怪我をしていたその妖怪の手当をし、一晩部屋で休ませることにする。翌日、その妖怪を森に帰し帰宅すると、かつて名前を返したアマナという妖怪に襲われる。大事な指輪を失くしたアマナは夏目を盗人呼ばわりし、指輪を返せなけれ ばこの一帯を焼き払うという。指輪を探し始める夏目とニャンコ先生だったが、どうやらその指輪は毛玉の妖怪に引っかかっていたようであった。

4. 代答

塔子の声真似をした妖怪が、家に入り込んでしまった。友人帳に名のある「カリカミ」という妖怪を呼び出したいのだという。夏目をえさに「カリカミ」を呼び出そうとする「ヨビコ」と名乗るその妖怪は、夏目に、「カリカミ」は古紙を修正する力を持つ妖怪であること、雨ざらしで開くことのできない手紙を開いてほしいというこ と告げ、その理由を語りだすのだった。

5. 過ぎし日の君に

夏目が中学の時に少しだけ住んでいた町に住むユリコ。赤点をとるたびに神社を訪れるユリコはこの日もまた、ため息をつきながら神社に来ていた。中学時代のユリコが夏目と出会ったのも、この神社だった。

6. 硝子（がらす）のむこう

妖怪によって小さな瓶の中に捕らわれてしまった夏目。どうやら持ち主を探す以外、開ける方法はないらしい。周囲の人に心配をかけないよう、ニャンコ先生が夏目の姿に化けることにするのだが、その夜、持ち主の妖怪が瓶を取り戻しに現れる。

7. 人と妖の間（はざま）で

捕らわれた夏目の行方を探す田沼は、妖の世に迷い込んでしまった。妖怪達の集まる館へと足を踏み入れた田沼は、なんとか夏目の解放に成功するが、妖怪達に正体がばれてしまう。妖怪達が襲い掛かろうとしたその時、袋をかぶった男が現れ、夏目と田沼を救い出す。

8. 惑いし頃に

突如空から現れた妖怪に連れ去られてしまう夏目。夏目をレイコと勘違いしているその妖怪は、友人帳に名があり今は封印されている友を呼んでやってほしいという。一方、夏目とはぐれたニャンコ先生は、山の中の廃屋で、古井戸の中から妙な気配を感じる。足を滑らせその古井戸に落ちてしまったニャンコ先生が遭遇したのは、祓 い屋・的場一門の七瀬であった。

9. 月分祭

豊作の神とされる豊月神と、地枯らしの神とされる不月神が勝負をする豊作祈願の祭、月分祭。不月神が勝てば山が枯れるが、その勝負を前に豊月神が祓い人に封印されてしまったという。祭までに豊月神を探し出すよう依頼を受けた名取は、勝負の地となる三隅山にやってくる。しかし、名取の目の前に現れたのは、封印されている はずの豊月神の一行。そして、豊月神の面の下の顔は紛れもなく夏目だった。

10. 祀られた神様

ついに始まった月分祭。封印された豊作の神・豊月神の代わりとなった夏目は、豊月神探しの依頼を受けやって来ていた名取と共に、豊月神の気配を感じた崖へと向かっていた。しかし、豊月神を見つけても、不月神が勝てば、山が枯れる。地枯らしの神・不月神との勝負は、壺から飛び出した獣を先に捕えた方が勝者となる狩り。不 月神との勝負に勝つため、夏目は名取が用意してきた呪詛と壺で獣を封じ、勝者となる。

11. 一枚の写真

田沼たちとラムネ水の湧く場所を探しに行こうと盛り上がる夏目の元に、かつてお世話になった親戚から連絡が入る。幼い頃に父親と暮らした家に買い手がつき、手放すことになったのだという。心優しい人たちに囲まれ日々を過ごしている今、もう心は痛まないと、一枚の写真を手に取る夏目。それは夏目の両親の写真だった。

12. 記憶の扉

最後に一度だけ、幼い頃に父と過ごした家を見に行きたいと塔子たちに告げ、夏目は三世子という少女のいる親戚の家に、鍵を受け取りに向かっていた。しばらくお世話になっていたことのある地で、かつての記憶を辿りながら思いを巡らせる夏目は、その家に妙な妖怪が住みついていたことを思い出す。

13. 遠き家路

三世子の家に住みついていた妖怪ムシクイに、心の中に入りこまれてしまった夏目。その意識は遠い記憶の中に迷い込んでいく。それは三世子の家で暮らした頃の、辛い悲しい記憶…。どこにも居場所がなかった夏目は、辛くても両親の写真を見ることさえ堪え、さみしくないと自分に言い聞かせていた。だが本当は何度も何度も呼ん でいたのだった。どんなに呼んでも手が届かないものがある。そしてもう呼ぶのはやめると決めたのだった。