1. 始まる

万津莫は明晰夢の能力で、国民的タレントのねむを鮮やかに救出、夢の中では困難なミッションをクリアする無敵のエージェントとして活躍している。ある夜、莫は突如、怪人・ナイトメアに襲われた。明晰夢では無敵と戦う莫だったが、なぜかナイトメアに太刀打ちできず逃げ惑う。追い詰められた莫は謎の人物に遭遇、ゼッツドライバーとカプセムを託されると仮面ライダーゼッツに変身した！

2. 爆ぜる

夢の中でなぜか逃亡犯となっていた莫。爆弾魔のナイトメアに遭遇するとゼッツに変身するが逃げられてしまう。ある夜、突如ゼロ（声・川平慈英）に呼び出された莫は「他人の夢に潜入しナイトメアの悪夢を未然に防げ」という指令を受ける。ということは、あの爆弾魔を止めなければ…。莫の“夢主”を守るためのミッションがスタートする！

3. 蝕む

ナイトメアを止めるには悪夢の世界で心の扉を探せ。ゼロの指令を受けた莫（今井竜太郎）は眠りに落ちると富士見の悪夢に潜入、心の扉を探し当てる。 しかし、ボムナイトメアは莫の目の前で爆破を引き起こしてしまった。このままでは富士見の悪夢が現実に！？ 莫は富士見を、世界を救うべくゼッツに変身する！

4. 奪う

莫は、ある結婚式のリハーサルで花嫁の父であるVIPを警護する夢を見る。そこへ花嫁・みゆきを略奪しようと男が現れた。莫の警護で事なきを得るが、彼が悪夢の夢主なのか？夢の中で迎えた結婚式当日、警備をする莫の前にみゆきを狙うナイトメアが現れた。莫はゼッツに変身、ゼロ（声・川平慈英）から得た新たな力で空中戦を挑むが…！？

5. 墜ちる

花嫁の麻宮みゆきはなぜ夢主なのか。現実の世界で情報収集を続ける莫は、公園の大木の前に佇むみゆきかに接触。大木に自らの人生を変えてしまうほどの思い出があることを聞き出す。夢の世界でみゆきの「心の扉」を見つけた莫は、扉の奥に広がる意外な光景を目にする。そして再びクロウナイトメアが出現、みゆきらに襲いかかった！

6. Case 6「封じる」

莫に課された新たなミッションは監獄からの脱出。莫は監獄の悪夢に囚われたねむと美女木真澄、玲子とともに脱出を試みるが、様々に仕掛けられた罠に行く手を阻まれる。そしてねむと美女木らの関係にある秘密が隠されていて…！？そんな莫の前に現れたノクスは「ここは脱出不可能な死の監獄」と不気味に言い放つ。はたして莫は難攻不落のミッションを遂行できるのか！？

7. 罰する

脱出不可能な巨大監獄は、プリズンナイトメアそのものだった！ ナイトメアは夢主の深層心理の現れ。 そこには、美女木社長が『ねむ』を監獄に閉じ込める真の理由があった。 それは国民的人気タレントに隠された、とある秘密―― 現実の苦しみから逃れるために作り出された悪夢を壊すことは、夢主を救うことなのだろうか。 「プロジェクション」カプセムは、全ての真実を映し出す。

8. 饗す

莫は、夢の中で生物兵器破壊のミッション遂行のため伝統あるレストラン「ロワイヤル城金」に潜入する。警戒する莫の目の前でオーナーシェフ・山王の料理を口にしたシェフ・塩見が倒れた。目覚めた莫は山王のレストランを訪問、そこでも原因不明の食中毒というブラックケースが発生してしまう。やはり生物兵器が？ ナイトメアの正体は…！？

9. 侵す

シェフの山王が望む悪夢とは何なのか？ 莫は、現実世界での塩見（前野朋哉）らの言葉からヒントを得ると、夢で山王の3つめの心の扉を発見。中を覗き込むと…！富士見らが首脳会談を止めようと奔走する一方で、莫はゼッツに変身しポイズンナイトメアと激突する。しかし、そこへ再びノクスが現れ…！？

10. 消える

「国家機密の奪還」というミッションを受けた莫は、夢の中で絵画コレクター渥美宅に潜入する。渥美のコレクションである名画が奪われる事件が発生、莫はその名画の中に国家機密が隠されていたとにらむ。しかし、犯人を追う莫の前に現れたノクスは、「知りすぎれば己の身を滅ぼす」と警告。次の瞬間、莫はノクスの武器から放たれた一撃を浴びてしまい…！？

11. 腐る

夢の中で奪われた名画はナイトメアによって腐食してしまった。名画に隠された国家機密もこのままでは奪還も…。落胆する莫（今井竜太郎）だったが、ゼロ（声・川平慈英）はいつになく厳しい口調で莫を叱咤する。莫は改めて夢の中でゼッツに変身。モウルドナイトメアから渥美を守ろうとワンダーカプセムを手にすると…！？

12. 衝く

夢の中で宇宙センターの職員となっていた莫の新たなミッションは、迫りくる巨大隕石から地球を守ること。衝突までの時間は48時間。目覚めた莫は富士見らに人類滅亡の危機を伝えると行動を開始する。 再び夢の中に戻った莫はねむとともに隕石の衝突を回避しようとするが、そこへノクスが立ちはだかった。ノクスは二人の前でベルトを装着、カプセムを装填し…！

13. 滅ぼす

ノクスナイトと戦い、自らの力の無さを痛感した莫。エージェントとしての自信を失ってしまい、ゼロからも失格の烙印を押されてしまう。それでも星也との何気ない会話で自らを見つめ直すと、夢の中で星也の「心の扉」を発見。新たなカプセムを手にノクスと対峙する！

14. 神鳴る

莫の新たなミッションは、敵＝ノクスを抹殺すること。ブラックホールをさまよう莫は、自分が幼い頃に初めて見た悪夢をたどり始め、幼い自分がノクスと出会っていたことに衝撃を受ける。なぜ忘れていたのか？ 莫は記憶を取り戻そうとノクスに迫る！

15. 照らす

CODEとはどんな組織なのか？ ゼロに疑問をぶつけた莫は、ノクスがかつてCODEのエージェントだったことを知らされる。ねむはそんなノクスの悪夢を見抜くと莫に報告。すべてを悟った莫は改めてノクスと対峙、新たなカプセムでゼッツに変身する…！

16. 奔る

莫の新たなミッションは、ナイトメアにさらわれたねむの救出。ゼロ（声・川平慈英）はノクスを見逃した莫を「組織の裏切り者」と糾弾する。信頼を失った莫だがミッション遂行のために奔走。そんな莫をよそにノクスはゼロと対峙、新たなドライバーを装着するとカプセムを装填する！

17. 逐う

ゼロを失ったものの、莫はねむ救出のミッションを継続。そんな莫に看護師の春は、ねむ失踪にまつわる意外な事実を明らかにする。夢主の心の扉を見つけた莫はウルフナイトメアの追跡を開始。しかし、行く手を阻むノクスがライダーノクスに変身。莫もゼッツに変身し二人のライダーはついに激突する！

18. 撃つ

夢の中で高校生となった莫のミッションは、デスゲームを仕掛けるナイトメアからなすかや紅覇らクラスメイトを守ること。生徒たちが倒される中、紅覇は銃を手にナイトメアに戦いを挑む。そこへ割って入った莫の姿を見た紅覇は「…セブン」と呟く。紅覇はどうしてその名を…！？

19. 択ぶ

莫はジャーナリストである現在の紅覇と会い、CODEという組織の秘密を知ることに。動揺する莫はエージェントとしての戦いに疑問を抱く。そんな莫にねむはナイトメアは自分の深層心理から生まれているのかも、と告白。悲嘆に暮れるねむに寄り添った莫は、再び襲いかかるデスゲームナイトメアに敢然と立ち向かう！

20. 兆す

夢の中で村人Aとなった莫は、蒼大と朋子、勇者ねむとモンスターを倒すRPGのような冒険の旅に出る。ナイトメアと遭遇した莫はゼッツに変身するが、奇妙なナイトメアの行動に違和感を抱き…。一方、ノクスは裏切り者を消そうと現れたシックスと対峙。ライダーに変身し戦いを挑むが！？

21. 溢れる

不特定多数の子供たちが同じ夢を見ているのか？調査を始めた莫は、同じ夢を見た子供たちにある共通点があることを見出す。再び夢の世界へ入った莫は心の扉の向こうに広がる恐ろしい悪夢の結末を目にする。子供たちが危ない！莫はゼッツ変身、ベビーナイトメアに戦いを挑むが…！？

22. 讐いる

新たなミッションは、現実の世界に現れたディザスターナイトメアを倒し、小鷹の命をも奪うこと。非情なCODEに不信感を覚えた莫はエージェントとしての戦いに疑問を抱く。一方、ファイブとシックスはディザスターナイトメアとライダーノクスに立ち向かう。彼らの壮絶な戦いを目の当たりにした莫、その時ある異変が！？

23. 壊す

ゼッツ カタストロムの変身を解除した莫は深い眠りに落ちると深層心理の世界へ。そこでねむが抱えていた強い思いを知り、莫もある決意を固める。ようやく眠りから覚めた莫は、美浪らに冷たく言い放つと行動を開始する。「俺はコードナンバー：セブン。ミッションを遂行する…」冷酷な男へと変貌した莫になにが？ そして向かった先には？

24. 壊れる

冷徹なエージェント、コードナンバー：セブンとなった莫は美浪らの制止を振り切り、「Find Nem.」という自らのミッション遂行へ動き出す。夢から覚めたねむと出会うため奔走する莫だが、そんな中ザ・レディがナイトメアを操りCODE本部を襲撃。さらにスリーが現れ、ロードスリーに擬装して…！！

25. 始める

病院のベッドで目覚めた莫は、これまでの体験がすべて夢だったことを悟る。しかし、夢であるなら、なぜゼッツドライバーとカプセムがここに…？混乱しつつも眠りについた莫は、夢の中でねむと再会。すべての体験は単なる悪夢だったのか、それとも！？

26. 揃う

夢の中の莫はこれまでの恐ろしい体験を、富士見、なすか、美浪に説明する。ノクスも密かに莫の話に耳を傾けていたが、そこへCODEの指令を受けたファイブとシックスが現れた！激突する4人、しかし新たな異変が！？

27. 戯れる

突如現れた謎のライダーの猛攻を受け、莫は夢から覚めてしまう。未来を変えるヤツは何者なのか？ 莫は「敵の正体を暴け」というミッションを自らに課す。一方、CODEではゼロとスリーが「ジーク」の出現に危機感を募らせていた。「ジーク」とはいったい…！？

28. 荒れる

ジークに翻弄される莫はノクスに接近。ジークの正体を探ろうとする。CODEではスリーがコード：ソムニアというCODEの最終兵器の投入を検討。そんな中、再びジークと対峙した莫は「悪夢は俺が壊す」と戦いを挑む！

29. 欺く

莫は夢の中でエージェントとなった美浪と出会う。迷い猫を探す美浪のミッションを手伝う莫だったが、ナイトメアに襲われ目覚めてしまう。美浪に猫の尻尾が生えるブラックケースが発生した。莫は再び眠りに落ちると、美浪を救うべくナイトメアに戦いを挑むが…！

30. 処する

美浪がCODEのエージェント…。真実を知った莫は、美浪は“家族のフリ”をしていただけと失望、怒りを露わにする。夢の中で美浪が再びキャットナイトメアに改変された。莫はゼッツカタストロムに変身、正体を知りながらもキャットナイトメアに襲いかかるが…！？

31. 苛む

CODEに抹殺される…。ゼロから非情な宣告を受けた莫（今井竜太郎）はゼロの夢に潜入。謎の黒いゼッツに襲われた莫は、そこで恐るべき真実と向き合うことに！？一方、ねむを利用しようと企むジークは、ねむを悪夢監獄へと誘い込む。無数のナイトメアに戦慄するねむはジークに追い詰められ…！？

32. 超える

実の父であるゼロは、ゼッツのために息子の莫を利用していた。自らの非情な運命を受け入れられない莫は、ゼロの真意も理解できず思い悩む。はたして莫はこの悪夢を乗り越えられるのか…！？

33. 現る

ジークがねむの悪夢を正夢に変え、ナイトメアが現実の世界に出現した。人々がナイトメアに襲われる現実を目の当たりにした莫（今井竜太郎）は、壊れたゼッツドライバーを装着。カプセムを装填しゼッツに変身しようとするが…！？

34. 潜る

復活した莫は、ねむの悪夢に執着するジークの深層心理に潜入、ジークの過去を目の当たりにする。ジークに宿るナイトメアを見極めた莫は再びジークと対峙、ゼッツvsドォーンの決戦が始まる！

35. 繋がる

莫が不吉な夢から目覚めると、現実の世界が一変していた。真相を探ろうと再び夢の世界に戻る莫だったが、ねむがシックスに命を狙われる。ねむを守ろうと奔走する莫、そこに現れたスリーは恐るべき力を見せつけて…！？

36. 統べる

ノクスに助けられた莫は、予知夢で見たCODEの拠点を教えろと詰め寄られる。どうやらノクスはCODEに乗り込むつもりらしい…。莫も思い悩んだ末にコード：ソムニアの起動装置を破壊すると決意。ノクスはスリーと、そして莫はファイブと激突する！

37. 竄める

38. 矯める

39. 裁く

40. 第40話