1. 再会の街

脱獄囚の上エ地圭二を追って札幌にやってきた杉元一行。同地では鶴見中尉率いる第七師団の斥候と土方一味が脱獄囚と思しき連続殺人犯の捜索に動いており、アイヌの金塊をめぐって争う陣営が札幌に集結する状況となった。そんな中、牛山と都丹が新たな犯行に手を染めようとしていた上エ地と遭遇。上エ地を追って洋食屋に押し 入った牛山だが、店内では杉元たちが食事中だった。そこに土方も姿を見せ、一触即発の状況にッ……!! 杉元と土方の間で火ぶたが切られた争いは、それを止めようとした牛山らも加わって混戦模様に。そこにアシㇼパが割って入り、土方にアイヌの未来についてどう考えているのかを問う。蝦夷共和国の構想を明かし、アシㇼパこそが多文化国家を象徴する主導者として最適だと答える土方。第七師団に金塊が渡ることだけは避けたい両 陣営は協力する道を選び、アシㇼパと土方は刺青人皮の情報を共有する。しかし、土方が鶴見中尉から奪った刺青人皮の真贋をめぐってアシㇼパの中に新たな疑念が生じる結果となった。その後、土方に協力する石川啄木が宇佐美から死守した情報により、連続殺人犯が次に犯行を行う場所が札幌ビール工場だと判明する！

2. 打ち上げ花火

連続娼婦殺害事件の犯人は、ロンドンで起きたジャック・ザ・リッパーの事件を再現しようとしている――そう推理した石川啄木からの情報で次の犯行場所が札幌ビール工場だと突き止めた杉元と土方たちは、三人一組の部隊に別れて待ち伏せする作戦を実行に移す。そんな中、門倉が同じく殺人犯を追って周辺を探索していた宇佐美 と接触。犯人と勘違いした牛山の部隊により、犯人発見を知らせる花火が打ち上げられてしまう……。 花火が誤って打ち上げられるのと前後して、別の場所では本物の犯人であるマイケル・オストログが夏太郎の変装に引っかかっていた。土方が仕留めにかかるも、これを回避したオストログはそのまま逃走。一方、花火の発射で色めき立つ杉元たちは、牛山を追って工場内に侵入する。そこに宇佐美と合流していた第七師団が立ちふさ がり、ビール樽が並ぶ貯酒室で戦闘が勃発。樽から流出したビールを浴びて杉元たちが泥酔状態に陥る中、その場からアシㇼパを連れ出した菊田は、彼女に父親の身に何が起きたのかを知るために鶴見中尉と話すよう説得を試みる。だがアシㇼパはこれを拒絶、父親の汚名をそそぐよりもアイヌの未来を優先させると力強く言い放つ。

3. 篤四郎さんの一番

オストログの逃走を許した土方たちだが、都丹や有古の索敵能力を頼りに追跡を続けていた。追い込まれたオストログは、箱詰め作業場の藁苞に火を放ち再び逃亡。同じ頃、宇佐美に追い回されていた門倉は、ついに捕まり土方から託されていた刺青人皮を奪われてしまう。そこに尾形が姿を見せたことで、宇佐美と激しい戦闘に突入 する。一方、杉元とはぐれて動力室に足を踏み入れたアシㇼパだが、そこに逃走中のオストログが現れ……。 アシㇼパがアイヌだと気づいたオストログは、アイヌの伝承と聖母マリアを重ね、自らの犯行を正当化。それをアシㇼパに否定され凶器を向けるが、駆けつけた杉元によって始末された。時を同じくして、尾形と宇佐美の戦いも佳境を迎えていた。尾形の不意を突いた銃撃で重傷を負うも、鶴見中尉との合流を目指す宇佐美。だが尾形 に背後から撃ち抜かれ、宇佐美は鶴見中尉の胸の中で死んでいった。その後、上エ地が煙突の上に現れ、自分のせいで暗号はもう解けないと挑発。しかし、各陣営は刺青をすべて集めなくても暗号は解けるとすでに気づいていた。煙突から転落した上エ地は、期待した反応を得られなかったことに絶望して最期を迎えるのだった。

4. 故郷を作る

オストログの死体を確保した土方たちが撤収を図る中、杉元たちは炎と煙に包まれたビール工場内に取り残されていた。そのことを知り、捜しに向かう房太郎。だが、彼の目的は救出ではなかった。房太郎は杉元を裏切り、アシリパと門倉が持っていた刺青人皮を奪取。抵抗を試みるアシリパに対し、アイヌや金塊のことなど忘れて杉 元と家族になれとささやく。しかしそこに第七師団の鯉登が現れたことで、両者の激しい戦いが勃発するッ！ 房太郎に水中へと引き込まれ、窮地に立たされる鯉登。月島が駆けつけて房太郎を退けることに成功するが、鯉登はアシリパよりも自分の救出を優先した月島を一喝する。その頃、房太郎から逃れたアシリパは二階堂に捕らえられていた。アシリパの確保を受け、鶴見中尉はビール工場からの撤収を指示。一方、房太郎と和解した杉元 は、第七師団が消防組を装って逃走したと知り、房太郎が運転するビールの販売宣伝車で追跡を開始する。だが第七師団の蒸気ポンプと激しいチェイスを繰り広げる中で、房太郎が敵の銃弾を浴びてしまう。房太郎は白石に自分のことを忘れるなと告げると、アイヌから得た情報を託して命を落とすのだった。

5. 小指の骨

アシㇼパを奪還すべく杉元たちは第七師団の追跡を続けるが、そこにソフィア率いる極東ロシアのパルチザンが介入。ソフィアは月島と争った末に捕らえられ、それを受けて鶴見中尉は彼女とアシㇼパを一時的にかくまう判断を下す。教会の一室で鶴見中尉と対峙することになったアシㇼパとソフィア。鶴見中尉への信頼が揺らぎ始め ていた月島と鯉登が外で聞き耳を立てる中、鶴見中尉の口から彼らが知らなかった真実が明かされる……。 かつて、皇帝暗殺の罪で指名手配犯となったソフィア、ウイルク、キロランケが出会った写真館を営む日本人・長谷川と鶴見中尉は同一人物だった――その事実を突きつけられ、驚愕の表情を浮かべるソフィア。鶴見中尉はソフィアたちが写真館を訪れなければ妻と娘は死ななかったと話すと、ソフィアに対し北海道に渡ったウイルク に何が起きたのかと問う。彼女が受け取ったキロランケからの手紙によると、ウイルクは娘のアシㇼパが生まれたのをきっかけに変わってしまったのだという。そして、アイヌの金塊の在り処を知る老人の目撃情報をきっかけにウイルクとキロランケの対立が顕在化し、二人の関係は断絶するに至るのだった。

6. 全ての元凶

ソフィアから北海道に渡ったウイルクの変化が明かされたあと、鶴見中尉はその後の彼の歩みについて語り始める。ウイルクたちが金塊の在り処を知る老人の消息を追っている頃、鶴見中尉は部下と共にその老人を最初に目撃した有古の父に接触。彼の話から、ウイルクがかつて自分の写真館を訪れたゲリラの男だと確信する。そして 、有古の父にウイルクの過去を教えることで、金塊を探すアイヌたちの関係に大きな亀裂をもたらした……。 鶴見中尉が放ったウイルクの過去という“毒の矢”により、金塊を探すアイヌたちの間で殺し合いが起きた。過去を知る者に追われていると悟ったウイルクは、自分の顔の皮を剥いで別の死体に被せることで自ら死を偽装。それを見抜いた鶴見中尉に追い詰められたものの、網走監獄に逃げ込んでのっぺら坊となった。そう話した鶴見 中尉は、さらに妻と娘をウイルクに殺されたと明かした上で、それでも自らの目的は日本国の繁栄だと断言。部屋の外で話を聞いていた月島と鯉登は、その言葉に安堵する。そして鶴見中尉は、黄金にカムイがいるとすれば、それはアイヌに災厄をもたらす「ゴールデンカムイ」だと高らかに唱えるのだった。

7. イポㇷ゚テ

鶴見中尉から刺青の暗号の解き方を教えるように迫られたアシㇼパは、暗号の鍵と思われる父のアイヌ語での名前「ホㇿケウオㇱコニ」を口にしてしまう。伝令を装って部屋に入った有古がアシㇼパの解放を試みるが、鶴見中尉はこれを察知。強行策に出た有古は、加勢してきた月島と鯉登の妨害をかいくぐってアシㇼパたちと教会を 脱出する。ちょうどそこに駆けつけた杉元たちの宣伝車で逃走を図るが、有古だけが乗り遅れてしまい……。 月島に銃で撃たれた有古は、菊田によって病院に運ばれたあと、父の形見が致命傷を防いでいたおかげで一命を取り留める。同じ頃、鶴見中尉はアシㇼパから聞き出した暗号の鍵が正しいと判断。その手腕に感服する鯉登だが、鶴見中尉がアシㇼパたちに語ったことが、自分たちに盗み聞きをされているとわかった上でのウソである可 能性に気づいて戦慄する。一方、杉元たちは土方らと合流後、鶴見中尉から奪った刺青人皮の中に本物が含まれる証拠を見つけ出す。これを受け、アシㇼパは暗号の鍵が「ホㇿケウオㇱコニ」だと確信。暗号の解読を進めつつ、房太郎の情報で判明したアイヌが最初に金塊を隠した場所に向かうため、杉元たちは列車に乗り込むッ！

8. 東京愛物語

列車で移動中にうたた寝をしていた杉元は、菊田との出会いにまつわる夢を見る。故郷から東京に出てきた矢先、陸軍士官の候補生らとケンカになった杉元。それを止めたのが、当時第一師団で候補生を指導していた菊田だった。菊田は杉元を食事に誘うと、第七師団長の息子・花沢勇作の替え玉となって見合いをしてほしいと持ちか ける。財閥の令嬢・金子花枝子を相手とするその縁談は、勇作の母がある思惑で仕組んだものだった……。 勇作の母の目的は、息子が死亡率の高い聯隊旗手になるのを防ぐため、花枝子に旗手になる暗黙の要件である童貞を奪わせることだった。菊田からマナーを教わり、「花沢勇作童貞防衛作戦」を実行に移す杉元。ところが食事が想定外の洋食だったせいで窮地に陥り、1回目の見合いから先行き不安な雰囲気に。その後、勇作の本音を 知りたくなった杉元は独断で本人に接触するが、きれい事を語る勇作に苛立ちを覚えるだけの結果に終わってしまう。そして迎えた2回目の見合い。いよいよ本気を出してきた花枝子が、強引な手口で勇作に扮した杉元に迫る。そこに勇作の童貞を案じた鶴見少尉と部下が乗り込んできたことで、事態はさらに混迷を深めていくッ！

9. 決意の号砲

花枝子の危機を察した杉元は、浴室から全裸で飛び出し、菊田と共に彼女を連れて逃走。その最中に勇作と鉢合わせ、彼の替え玉だとばれてしまう。ところが花枝子の心境の変化により、杉元のほうが求婚を断る流れに。こうして縁談は破綻し、杉元と菊田も別れたのだった。目を覚まし、次に菊田と会うときは本気で戦う覚悟をする 杉元。だがその頃、暗号の解読を終えた鶴見中尉と菊田の間で抜き差しならない事態が発生していた……。 宇佐美が死ぬ間際にもたらした情報によって、鶴見中尉は菊田が中央のスパイであることを把握していた。銃で撃たれた菊田は、鶴見中尉を「ノラ坊」こと杉元が倒すと告げたあと、月島にとどめを刺されて絶命。それを見届けた鶴見中尉が、各地の部下を金塊が隠された場所に集結させる命令を下す。同じ頃、列車で移動中の杉元た ちも暗号の解読に成功していた。金塊が隠された場所は、かつて土方が幕軍として官軍と戦った地・五稜郭。ひと足早く目的地に到着した杉元たちだったが、鶴見中尉からの電報を受けた別動部隊と遭遇。これを退けたものの、鶴見中尉の動きが判明したことで、杉元たちは五稜郭に止まって第七師団を迎え撃つ決意を固めるッ！

10. 私たちのカムイ

杉元たちが第七師団を迎え撃つ準備と金塊の捜索を進める中、土方が協力の約束を取り付けていたソフィア率いるパルチザンが合流。その後、土方の見込み通り、彼の刺青を手がかりに掘り進めた場所から北海道の土地の権利書が発見される。土地を守るために金塊が使われていたと知り、自分と先人たちの考えが同じだったことを喜 ぶアシㇼパ。対して失望の色を隠せずにいた杉元たちだが、権利書の内容から新たな事実が明らかになる……。 アイヌの金塊は土地の購入にすべて使われてしまったわけではなく、半分ほどがまだ手つかずで残っている――土方がその事実に気づいたことで、にわかに色めき立つ杉元たち。だが、そこに鶴見中尉率いる第七師団を載せた駆逐艦が現れ、海上から五稜郭に向けて艦砲射撃を仕掛けてきた。投降の意を示した永倉が鶴見中尉に権利書 を譲り渡すことを条件に仲間の命の保証を懇願するも、芝居だと見抜かれて交渉は失敗。同じ頃、杉元たちは土方が門倉の刺青をもとに残りの金塊の在り処だとにらんだ場所で馬用の井戸を発見する。杉元とアシㇼパがさっそく井戸の中を調べに向かい、そこで二人は長い旅の中でずっと探し求めてきた金塊をついに見つけ出す。

11. 五稜郭攻囲戦

箱館戦争中に五稜郭に出入りしていた若き土方は、金塊を隠したアイヌたちと出会い、彼らに戦闘で負傷していたところを救われる。だが政府軍に見つかり、そのまま連行され幽閉状態に置かれる身となったのだった。それから時が経ち、ロシア領事館に隠されていた金塊はウイルクたちによって五稜郭に移され、杉元たちがそれを発 見するに至った。一時中断されていた駆逐艦の艦砲射撃が再開される中、杉元たちは局面を打開できるのか⁉︎ 気球を使った観測により、駆逐艦の艦砲射撃は杉元たちが敵の攻撃を防ぐために築いていた堡塁を次々に破壊していく。さらに鶴見中尉の号令をきっかけに、100名を越す第七師団の歩兵が五稜郭の入口となる３つの橋に向かって一斉に突撃を開始した。杉元たちとソフィア率いるパルチザンがこれを迎え撃ち、五稜郭の各所で戦闘が勃 発。そんな中、土方から別命を受けた門倉は、永倉たちと共に函館山を訪れていた。その目的は、箱館戦争時に新撰組が隠した回天丸の主砲を使って五稜郭を守ること。主砲からの砲撃は見事命中し、４隻の駆逐艦を攻撃不能にすることに成功。だが南口で稜堡の一部が制圧され、ついに敵の侵入を許してしまうッ！

12. 武士道

五稜郭内に攻め込んできた第七師団を迎撃する杉元たち。そんな中、二階堂に狙撃された土方をかばった都丹が致命傷を負ってしまう。土方を先に行かせた都丹は、押し寄せる敵と銃撃戦を展開。一方その頃、鶴見中尉は月島と鯉登を従えて土地の権利書の捜索を進めていた。ところが、鯉登が鶴見中尉に対し、嘘で試した人間の愛し か信じていないのではないかと問いただす。時を同じくして、杉元は二階堂と死闘を繰り広げていたッ！ 二階堂の体に銃刀を突き刺し、戦いにけりをつけようとする杉元。対する二階堂は、双子の弟・洋平を殺した杉元への復讐に執念を燃やし、隠し持っていた手投げ弾を起動させて自爆攻撃に打って出る。杉元がこれを間一髪回避したことで、両者の死闘は二階堂の爆死という結末に終わった。その後、杉元たちと第七師団との戦いはさ らに激しさを増していき、白石はアシㇼパと土地の権利書を守るために五稜郭からの脱出を決断。だが、その動きに気づいた鯉登の妨害により、白石とアシㇼパは離れ離れになってしまう。孤立したアシㇼパを見つけ、猛然と迫り来る鶴見中尉。そこに馬に乗った杉元が駆けつけ、二人は再合流した白石と五稜郭の北口を目指すッ！

13. ウイルクの娘

五稜郭からの脱出を目指す杉元たちは、北口で戦っていたソフィアを発見。一緒に逃げるように促すが、ソフィアは敵を食い止めるためにその場に留まる道を選ぶ。別れ際、アシㇼパに未来はあなたが選んでと告げたソフィア。しかしその直後にソフィアは鶴見中尉の放った銃弾に倒れ、さらに銃撃で体勢を崩した馬からアシㇼパが落 下してしまう。杉元とアシㇼパが離れ離れになりかけたそのとき、意外な人物が救いに駆けつける……。 アシㇼパを救ったのは、家族ができたことをきっかけに別れたはずの谷垣だった。杉元たちが五稜郭にいると聞きつけた谷垣は、役目を果たして過去にケジメをつけるために行動を起こしたのだ。その後、五稜郭から脱出した杉元たちは、ヴァシリとのスナイパー対決を制した尾形の狙撃をかいくぐって土方たちと合流。ちょうど通り かかった函館駅行きの列車に乗り込むが、車内には第七師団の第二陣が乗り込んでいた。機先を制して牛山が敵に襲いかかり、そのスキに列車を降りようとする杉元たち。だが追ってきた鶴見中尉に谷垣が撃たれ、杉元たちは車内で戦うことを余儀なくされる。さらに尾形も姿を見せ、暴走列車を舞台にした大乱戦が幕を開けるッ！