1. Wandering Days

大都市“儒來”が一夜にしてクレーターと化した大事件＜ロスト・ジュライ＞。首謀者として600億＄＄という前代未聞の懸賞金がかけられたヴァッシュ・ザ・スタンピードは事件以来、行方不明となっていた。事件から２年半が経ち、メリルは記者としてたくましく成長。後輩のミリィ・トンプソンとともにヴァッシュの行方、そして 半年前から再び起こりはじめた”連続プラント強奪事件”にミリオンズ・ナイヴズの影を感じ、調査を始めていた。そんな中、地球からの巨大移民船団接近の知らせが降り注ぎ、住人たちは歓喜に包まれる。

2. Unforgiven

約150年前の宇宙移民船団墜落事件＜ビッグ・フォール＞以来、ヴァッシュが青年時代を過ごした元移民船３番艦・通称“ホーム”。そのホームが突如何者かの襲撃を受け、あっという間に支配されてしまった。ホームに住む少女・ジェシカは仲間たちからヴァッシュを連れてくる使命を託され、ヴァッシュの義手に仕込まれている発信 機を頼りに儒來郊外の町でホッパードという男と出会う。彼は、記憶を失い虚ろな瞳をしたエリクスという青年を保護していた。

3. Memento Mori

＜ロスト・ジュライ＞以降、行方不明となっていたヴァッシュの目撃情報を掴んだメリルたち。奇跡的に再会したニコラス・Ｄ・ウルフウッドとともに、ヴァッシュの痕跡を追うため、ホームへと向う。そのころ、ヴァッシュはジェシカとともに仲間を救うため窮地へと陥ったホームへと足を踏み入れていた。そこにはナイヴズからの 刺客、不気味な力で襲い来るレオノフ・ザ・パペットマスターが待ち構えていた。

4. From Order To Chaos

ニコラス、そしてメリルにミリィも加わり、ヴァッシュはつかの間の穏やかな時間をホームで過ごしていた。一方、＜ロスト・ジュライ＞で肉体を失ったミリオンズ・ナイヴズの復活を目論むコンラッドたちは、ロストテクノロジーで作られた飛行船「方舟」でプラントの強奪と大量虐殺を繰り返していた。大地を血で染め続ける彼ら はホームにある大量のプラントを狙うべく、新たな刺客を送り込んでくる。

5. What a Wonderful World

方舟によるホーム襲撃に先駆け、ヴァッシュを捕らえに来たミッドバレイ・ザ・ホーンフリーク。いまだ万全ではないヴァッシュに代わり、ニコラスはホーンフリークとの戦いを買って出る。恐怖からナイヴズへ従い続けるホーンフリークと自らの意思でその支配下から離れたニコラス。ニコラスは説得を試みるも届かず、ホーンフリ ークの音速の攻撃が襲い掛かり、激闘が繰り広げられる。

6. The darkest hour is just before the dawn.

降り注ぐミサイルの雨により、方舟によるホームへの本格的な襲撃が狼煙を上げる。ホームを隠し守っていた砂嵐のシールドも、かつて移民船団の研究機関に所属していたコンラッドにより破られ、レガート・ブルーサマーズたちの侵入を許してしまう。ロストテクノロジーによって強化されたレガートの猛攻に苦戦を強いられるヴァ ッシュ。そしてついに、“復活の時”が訪れる。

7. The Hurt Locker

ヴァッシュが方舟に捕らえられてから5か月が経った。依然、各地ではプラント強奪事件が発生し続け、人々は恐怖に脅えながらも、唯一の希望である地球からの移民船団の到着を心待ちにしていた。ホームを拠点に取材をしながらヴァッシュを探し続けるメリルとミリィは、その騒然とした様子に不安を覚える。一方、方舟で対峙す るヴァッシュとナイヴズは旧友・テスラの記憶を語り始める。

8. Good Bye, My Friend

レガートの隙をつき、ニコラスはついにヴァッシュを救出。方舟からの脱出を試みたその時、死んだと思われていたニコラスの弟分・リヴィオが現れた。喜びもつかの間、リヴィオは自らをラズロ・ザ・トライ・パニッシャー・オブ・デスと名乗り、二人への攻撃を開始する。予想だにしない展開に混乱を隠し切れないニコラスだった が、なんとか猛攻を振り切り、かつてリヴィオとともに過ごした孤児院にたどり着く。深手を負ったヴァッシュを孤児院へと預けると、ニコラスは追いかけてきたラズロと対峙。壮絶な戦いの火蓋が切られる。

9. REUNION

方舟の侵略から逃れるため、多くの難民がノーマンズランド有数の大都市・オクトヴァーンに集まっていた。しかしそれは、地球からの移民船団をオクトヴァーンに墜落させ、一気に人類を殲滅させるというナイヴズの恐るべき計画の一部だった。〈ビッグ・フォール〉、そして＜ロスト・ジュライ＞のような悲劇を二度と引き起こさ ないよう、ここでナイヴズを止めるしかない。ヴァッシュたちは最終決戦へと向け、準備を開始する。

10. MARTYR

プラントとの融合を繰り返し、ナイヴズは異形の姿と圧倒的な力を蓄えていた。ヴァッシュはプラントの“共鳴”を使って、ある場所へ方舟を誘い出す。そこは兄弟が初めてノーマンズランドへと降り立った地だった。待ち構えるヴァッシュ、ニコラス、リヴィオに対し、レガートとナインライヴスによる猛攻が開始。圧倒的な強さを 持つレガートを前に、ヴァッシュは自らの信念を揺るがされる「ある決断」を強いられる。

11. I MISS YOU.

プラントとの融合を終え、完全体となってヴァッシュの前に姿を現したナイヴズ。ヴァッシュは必死に抗うものの、全く太刀打ちできず再び捕らえられてしまう。一方、方舟に潜入したメリルとミリィの前にはエレンディラが立ちはだかる。先輩記者・ロベルトの仇であるエレンディラを前に、復讐心を燃やすメリル。そして、思わぬ 助力を得て方舟を追うニコラスとラズロ。すべての因縁がオクトヴァーンに収束しようとしていた。

12. QUO VADIS

ナイヴズの悲願、全てのプラントをインディペンデンツにする計画は失敗に終わった。しかし憎悪の矛先を失ったナイヴズはさらなる力を求めて方舟との融合を開始、移民船団をノーマンズランドに墜落させ、全てを無に帰そうとする。ヴァッシュはナイヴズの精神世界からの説得を試みるが、テスラの痛ましい記憶が流れ込み、負の 感情に飲み込まれてしまう。絶体絶命の中、メリルたちはある奇策に出る。果たしてその想いはヴァッシュへ届くのか。兄弟が紡いだ運命の物語が、ついに完結する。