1. RYUSUI VS. SENKU

宝島での激戦を終え、科学王国へと帰還した千空たち。手に入れた石化装置で司が復活、科学王国の仲間となった！そして、千空たちは石化の元凶・ホワイマンの発信源である“月”を目指し、「月面着陸計画」を始動。世界中から宇宙船の材料を集める為、ペルセウス号で大海原へと飛び出した。しかし、アメリカを目指す船旅の中で、航路を巡り千空と龍水の意見が対立！どちらを採用するか決めるため、まさかのポーカー対決が始まる！

2. SCIENCE JOURNEY

航路を巡る千空VS.龍水のポーカー対決は、捨て身のウルシ作戦で千空が勝利。ムズさ100億％の最短ルートでアメリカを目指す。過酷な船旅には娯楽が欲しい！という龍水の提案で、船上にカジノが誕生。フランソワがゲストに合わせたオリジナルカクテルを提供してくれる「バー・フランソワ」も開店し、船員たちを楽しませる。そんな中、松風は石化装置にまつわる忌まわしい記憶を思い出していた。

3. 暗闇の誘蛾灯

40日におよぶ過酷な船旅を、科学の航海術と結束力で乗り切り、遂に新大陸アメリカへと到達したペルセウス号。千空たちは、かつての文明を失ったアメリカの現状に、必ず全人類を助け出すと、決意を新たにする。早速、サクラメント川を渡りながら、復活液の材料であるコーンを探す千空たち。夜になり、誘蛾灯を頼りに探索を進めていると、司が強い殺気に気付く……！

4. Dr.Ｘ

遂に、アメリカ大陸に足を踏み入れた科学王国一行。千空たちが闇夜の誘蛾灯でコーンのありかを探っていたところ、司が暗闇から強い殺気を察知！突如、何者かにマシンガンで襲撃される！司の超反応と龍水の機転で何とかかわした千空たちだが、アメリカに高い科学力を持つ復活者がいることが判明する。翌朝、再び現れた復活者は、更なる驚きの科学武器で千空たちに迫る……！

5. DOCTOR VS. DOCTOR

新大陸で高度な科学力を持つ復活者に襲われた千空たち。敵の本拠地を探る為、自らスパイとして敵城に乗り込んだゲンは、そこで、敵のリーダーである科学者・Dr.ゼノと対面し、尋問を受ける。無線から千空たちにコンタクトを取ってきたゼノは、ゲンの偽情報から大樹との対話を要求し、緊迫の交渉がスタートする！そして、千空たちは迫るゼノ軍との対決に備え、ペルセウス号のパワーアップを試みる！

6. SCIENCE IS ELEGANT

ゼノ軍に対抗すべく、ペルセウス号の「空母大改造計画」をスタートさせた千空たち。早速、船の突貫工事を進めつつ、敵のリーダー・ゼノの身柄を拘束する為の特殊部隊を結成、司たちが敵陣へと向かう。一方、ゼノからDr.大樹の暗殺を任された、総司令官・スタンリーは、ルーナをスパイとしてペルセウス号へと送り込む。そこで、ルーナがこぼした情報から、千空とゼノの驚きの関係が判明する！

7. 二人の科学者

ルーナの言葉から、ゼノが科学の師匠に当たる男だと気付いた千空。千空が小学生の頃、世界中の科学施設に質問メールを送り、返答をくれたのがNASAの科学者・Dr.ゼノだった。科学を愛するゼノの言葉に、力を貰っていた科学少年の千空。ゼノもまた、若き科学者との交流を楽しんでいた。しかし、それから数年後、ゼノは科学の武力で独裁者になるという願望を語る様になっていく……。

8. LOCK ON

かつて、科学を通じて師弟関係にあったゼノと千空。二人は同じ頃に石化から目覚め、それぞれの場所で科学を発展させていた。復活後、科学武器を製造する為の城を築き、世界を導く独裁者になることを目論むゼノ。そして今、ゼノの指令により、凄腕スナイパーのスタンリーが、科学王国のリーダーの命を狙う！スパイであるルーナは、船内から標的を見つけ、スタンリーに合図を送ろうとするが……。

9. 科学の灯

科学王国のリーダーが、かつて師弟関係にあった千空だと気付くゼノ。それでも、ゼノはスタンリーに千空の狙撃を指示。混乱に陥るペルセウス号の中で、千空はスタンリーに狙撃されてしまう！咄嗟の防御で一命は取り留めたものの、瀕死の重傷を負った千空。大樹はかつて医学生だったルーナに、千空の治療を頼み込む。その頃、ゼノ城を視察中のクロムたちは、ゼノ捕獲作戦へと動き出していた。

10. 土まみれの道を

ゼノ城へ潜入する為、秘密の地下トンネルを掘り始めたクロムたち。狙撃され瀕死の千空に変わり、科学使い・クロムが自ら土を掘る為のドリルを考案。科学王国が一丸となってクラフトを進めていく。一方、大樹に頼まれ千空の治療にあたっていたルーナは、ゼノ軍のスパイでありながら、千空への特別な感情に気がついてしまう。そんな中、ゼノ軍は科学王国を脅かす、驚愕の秘密兵器を作り上げていた……！

11. ルールを知る者創る者

遂に始まった、科学VS.科学のリーダーを狙う速攻戦！強大な科学武器を有するゼノ軍に対し、千空たちもペルセウス号を空母へとパワーアップ！病み上がりの千空は、龍水と共に飛行機へと乗り込み、スタンリーとのドッグファイトに挑む。激しい空中戦が繰り広げられる中、ゼノ軍が密かに開発を進めていた巨大な科学兵器が、船上の松風たちに迫っていた！

12. 再会

天・地・水上と激しさを増す科学王国同士の制圧戦。空中で千空たちがドッグファイトを繰り広げる中、地上ではゼノ軍が巨大な潜水艦でペルセウス号を襲撃！万事休すかと思われた時、クロムたちがゼノを確保！密かにトンネルを掘り進め、ゼノ城への潜入作戦を遂行していた。拘束され、クロムと共にトンネルを進むゼノ。その最中、千空もかつての科学の師である、ゼノの元へと向かっていた……。

13. 同じ月を見て

ゼノ軍との戦いの末、ペルセウス号を占領された千空たち科学王国。しかし、クロムたちがゼノの捕獲に成功。千空はコーンシティをニッキーたちに託し、スタンリーの猛追をかわしながら、石化光線発生の地・南米を目指す。そして、千空は石化光線と月の謎を突き止めるべく、かつての科学の師匠であるゼノとタッグを組む！地球最強の科学者が二人、互いの知見を持ち寄り、忌まわしき光の正体に迫る……！

14. EARTH RACE

千空とゼノ、二人の科学者によって突き止められた石化光線の発信源。早速その地を目指し、千空たちのアマゾン大冒険＆お宝さがしがスタートした！しかし、超スピードの空母で迫りくるスタンリー部隊から逃げ切る為、千空たちは大急ぎで燃料の木材を現地補給することに。大樹が夜通し働く中、突如、夜空に謎の文字が浮かびあがり、何者かが現れる……！

15. 包囲網突破戦

石化光線の発信源である南米を目指しながら、スタンリーと全力レース中の千空たち。天才地理学者・チェルシーを仲間に迎え、目的地までの最短ルートを突き進む！まずは、アマゾン横断に備え“バイク”をクラフトしたい千空たち。必須素材“ゴム”をゲットする時間を稼ぐ為、スタンリーたちにとある囮作戦を試みる……！VS.スタンリーの包囲網突破に向け、千空たちは爆速でのバイク作りへと挑む！

16. MEDUSA MECHANISM

ラボカー囮作戦でスタンリーたちから時間を稼ぎ、バイク作りに必須の素材、ゴムをゲットした千空たち。メンバー全員が力を合わせ、最速で６台のバイクを完成！スタンリー部隊の追撃をかわし、見事、包囲網突破戦に勝利した！そんな中、千空はコーンシティのニッキーたちに、石化装置のメカニズムを解析するミッションを伝達。分解作業を行う技師を目覚めさせ、いよいよ石化装置のカラクリへと迫る！

17. 悍ましくも美しく

千空から石化装置のカラクリ解析を任されたニッキーたち。エース時計技師のジョエルを目覚めさせ、石化装置のエネルギー源を特定していた。一方、スタンリーたち最後の猛追をかわす為、ロープウェイ作りをスタートさせた千空たち。チームの心を一つに、命懸けの山越えへと挑む！そして、過酷なアマゾン大密林コースを突き進む千空たちを待ち構える、驚きの光景とは――。

18. DIAMOND HEART

南米横断ウルトラレースを制し、ついに石化光線の爆心地へと辿り着いた千空たち。そこには、大量の石化装置が眠る、悍ましくも美しい光景が広がっていた。数千年前に降り注いだ敵意の塊に息をのむコハクたち。既にエネルギー切れの石化装置を大量にゲットした千空は、早速、ゼノと共に科学分析をスタート！一方、スタンリーたちの魔の手は刻一刻と迫っていて……。

19. STONE SANCTUARY

千空からのミッションで、石化装置のエネルギー源となるダイヤモンド作りに挑むニッキーたち。チーム全員が力を合わせ、科学者不在の中、ゼロからダイヤモンドを作り出した！一方、千空たちは超合金の街を作る為、レアメタルが豊富なストーン・サンクチュアリ、ブラジルの都市・アラシャを目指す。しかし、ゼノから密かに通信を受けたスタンリーたちも、先回りする為に動き出していた……！

20. かつて消そうとしたものは

スタンリーとの最終決戦に向けて、メデューサの砦を築く千空たち。切り札である石化装置の再起動に一縷の望みを懸ける中、スタンリー部隊がアラシャへと上陸。千空たちに知らせようとしたスイカとフランソワは、危機的状況に陥ってしまう……！そして、事態を察したコハク、司、氷月の三人は、スタンリー部隊を足止めする為、決死のゲリラ戦へと乗り出した！

21. OUR Dr.STONE

ついに始まった科学王国VS.スタンリー部隊の最終決戦。スタンリーたちを足止めする為、決死の抗戦を試みたコハクたちは、深手を負いながらも千空たちに全ての運命を託す。激しい攻防戦の中で盾となり、次々と倒れゆく科学王国の仲間たち。そんな絶体絶命の状況下、切り札を失い心が折れそうになるカセキたちの元に、コーンシティから最後の通信が届く……！

22. また逢う日まで

スタンリー部隊との最終決戦で盾となり、倒れゆく大樹や龍水たち。絶望的な状況下で、遂にジョエルが石化装置を完成。千空の作戦を受け、コーンシティの仲間たちと命懸けの正面特攻で石化装置を発動させた！忌まわしい光を放ち、地球全てを包み込んでいく石化光線。スタンリーたちとの復活液争奪戦が激化する中、石化していく千空が最期に託したものは……。

23. ひとりぼっちのサイエンティスト

石化装置の発動により、世界中の人間は全て石になった――。暗闇の中、再び復活までの秒数を数える千空。そんな中、託された復活液を浴び、一人目覚めたスイカ。孤独と不安に押しつぶされそうになりながらも、衣食住を手に入れ、仲間の石像を集めていく。しかし、肝心の復活液を見つけられないままのスイカは、千空が残したメモを頼りに、ひとりぼっちでゼロから科学の道を歩み始める！

24. WHOLE NEW WORLD

25. FUTURE ENGINE

石化からの復活を遂げた千空たちは、ゼノを仲間に引き入れ、「月面着陸計画」を再始動！新たな仲間と共に集めたレアメタルで超合金の街を立ち上げ、宇宙船作りを再開した。更に、クラフトしたロケットエンジンを使い、ボロボロになっていたペルセウス号をパワーアップ！千空たちは3チームに分かれ、それぞれ新たな天地へと突き進む！そのさなか、突如ホワイマンから驚愕のメッセージが届く……！

26. FIRE

27. 宇宙は数学という言語で書かれている

ゼノがクラフトしたジェットエンジンを使い、共作第一号機となるミサイルを完成させた千空。流木で塞がっていたスエズ運河を、科学の力で突破した！超爆速ショートカットで数学の街・インドへと上陸した科学王国のメンバーは、ロケット開発に必須の「数学力」をゲットすべく、龍水が信頼を寄せる天才数学使い・SAIを探す。しかし、目覚めたSAIは、龍水を見るなり逃げ出してしまう……！