1. 花弁を散らす者達

優秀な兄と比べられて育ち、自分が無才であることに劣等感を持つ高校生、扇寺東耶は、連続殺人の噂が渦巻く中、転入生の灰都・ルオ・ブフェットと出会う。灰都は自らの首を切ることで前世の才能を得ることができる“輪廻の枝”によって才能を開花させた「廻り者」だった。だが輪廻の枝は偉人の才能だけでなく、罪人の才能を も蘇らせる諸刃の剣でもあった。灰都と狂気のシリアルキラー、アルバート・H・フィッシュとの戦いを目の当たりにした東耶は、才能への渇望から自らも禁断の力に手を伸ばす。劣等感と嫉妬を抱えた少年は、己の才能を咲かせるため、危険な運命へ踏み出していく。

2. 持つ者としての在り方

才能を開花させた東耶は、偉人の杜の司令塔であるジョン・V・ノイマンから最初の仕事として『悪しき廻り者、ジョン・W・ゲイシーの排斥』を指示され、灰都を迎えに学校へ赴く。体育館で稽古道具に囲まれながら寝ていた灰都を連れ、ゲイシーが潜伏している森へ足を踏み入れた。キラークラウンの異名を持つ殺人鬼であるゲイシ ーの討伐を通して東耶に経験を積ませる予定が、誤って灰都が一撃で倒してしまったものの、無事仕事は完遂。しかし、ゲイシーを追い今回の戦闘を密かに観察していた黒い戦闘服を着た謎の集団から追跡されることになり……。

3. 開戦

重瞳を模した謎の黒い霧と対峙したI・ニュートンと舩坂弘志は、ジョン・V・ノイマンに情報を求めるため偉人の杜へ戻る。東耶や灰都たち偉人の杜メンバーと話し合う中で、P・ピカソは見ていないはずの謎の黒い霧を具現化したような絵を描く。その絵を見たノイマンとA・アインシュタインは過去の出来事を思い出し、うまく反応 できずにいた。 するとモニターがいきなり重瞳の模様に染まり、ノイマンやアインシュタイン、ピカソへ向けた、まるで旧友と会ったかのような朗らかな男性の声が聞こえ始める。その正体は武の頂たる才能を持つ最強の廻り者にして、偉人の杜初期メンバーの一人である項扇羽だった……。

4. 全知と腐敗

舩坂弘志は扇寺東耶をスパイとして疑い銃口を向けていたが、「信じるであります」という言葉とともに銃をおろした。「自分を二度も庇ってくれた君を疑いたくない」と言い、まっすぐに見つめる舩坂に心を動かされ、東耶は自身の過去と目的を語り始める。話を聞き、東耶の人間らしさを受け入れた舩坂は東耶を応援することを決 め、また二人で戦闘へと踏み出す。 各地で偉人の杜と罪人軍の廻り者たちが戦闘を開始する中、東耶と舩坂が『地』の支城に到着してまもなく、大きな爆発が起こり土埃から『不死鳥』ハンス・U・ルーデルが現れる。『不滅の不死』を持つ舩坂と『不変の不死』を持つルーデル。同じく不死の才能を持つ二人の死闘が始まり……。

5. さようなら、耳を傾けてくれた人

廻り者となった舩坂弘志は、才能を得ると同時に人間として生きる実感を失いつつあった。偉人の杜に加わり司令役のジョン・V・ノイマンにより各地の戦場へ斡旋され、兵士として蹂躙し活躍することに不満はないものの、退屈さや謎の不快感を感じていた。しかし罪人軍のハンス・U・ルーデルとの戦闘の中で興奮を覚え、不死を持 つ者同士の対話を通して舩坂は自身の望みが「互いがすり減るような本気の戦い」であること、輪廻の枝により才能を得ることで失ったものの大きさを痛感した。誰が為ではなく己が為に、互いの死を本望として、舩坂とルーデルは決着をつけるべく再度死闘を開始する。

6. 西耶

舩坂弘志から才能を受け取り、東耶は一人で重瞳の城へ到着した。城では罪人軍のリーダーである項扇羽に加え、M・ダルモン、M・ノストラダムスが待ち構えていた。歴史上最強とされる項扇羽の才能を収集するため、東耶は項扇羽に勝負を挑む。東耶は項扇羽に遊ばれるかのように圧倒され、自身の才能の本質を見抜かれているにも 関わらず、項扇羽から敵意を全く感じず戸惑い始めた。打開策を考え項羽の一挙手一投足に気を配る中、項扇羽から兄である扇寺西耶が「偉人の杜を立ち上げたメンバーであること」、「天下最上の廻り者である項扇羽に唯一劣らない廻り者だったこと」を知らされる。 東耶は自身の知らない兄の姿を聞くことになり……。

7. 咲き廻るリィンカーネーション

偉人の杜へ潜り込んでいたスパイであり五虎将最強の廻り者、ガイウス・J・カエサルと、豹変した姿の灰都が重瞳の城へ到着する。灰都と対峙し、理性を失い変わり果てたその姿に驚愕する東耶。「何を捨ててでも強くなりたかった者の成れの果て」と化した灰都を元に戻すため、項扇羽はM・ダルモンを東耶と共に隠れさせ、M・ノス トラダムスとカエサルへ時間を稼ぐよう指示をする。ノストラダムスの才能で灰都からの攻撃を予測し未来を書き換えることで回避するものの、カエサルの戦闘力をもってしても拮抗し攻めきれない状況が続く中、ついにノストラダムスの予言書に『書き換えることができない不可避の未来』が浮かび上がる。

8. 救世主

偉人の杜の司令塔、ジョン・V・ノイマンにより全世界の電子機器がハッキングされ『偉人類計画』が宣言された。項扇羽は「その行動は何者かに操られたもの」だと示唆し、M・ダルモンと共に散る。二人の最期を見届けた東耶と灰都、柳生十兵衛三吉の三人は、特務自衛隊・黒鋭部隊の北束斎と三並南毅に保護され治療を受けること になる。項扇羽の残したデータには扇寺西耶の死の真相とこれまでの顛末、“輪廻の枝”と“廻り者”の情報が記録されていた。さらに解析を進めるため協力しようとした東耶は、拒絶するかのような北束の態度に距離を感じる。北束の言葉を受けて葛藤し絶望しかけた東耶は、ノイマンの「“庭”の外で電源を入れるなよ」という言 葉を思い出し、携帯の電源を入れるのだった。

9. 種にて始まり、終わり有り

10. 顔の無い男

灰都が去り、東耶と柳生十兵衛三吉が追いかける中、A・アインシュタインたちは廻り者全ての心臓とも言える“輪廻の種”を見つけるため、世界各地で暴れまわる野良の廻り者から情報を集めて倒し、輪廻の枝を回収すべく、標的となる廻り者を選定していた。パリでは凱旋門を拠点に第一次世界大戦の戦死者の亡霊を墓から呼び出 し戦わせるナポレオン・B、海で目撃情報が少なく動きの正確な把握が難しいレイチェル・L・カーソンなど、容易に手を出せない状況が続いていたが、項扇羽が残した廻り者集団“浮草”が戦力に加わる。しかしその中には、“その場の誰も正体を知らない”黒スーツを着た謎の人物がいた。

11. 裂かれる才

“輪廻の枝”の製作者であり記憶に残らない超次元的存在であるアラン・スミシーにより灰都と柳生十兵衛三吉は、廻り者となる前の記憶を見せられ、父の死を知り灰都は絶望し、灰都の過去の行いを知った十兵衛は激昂する。灰都は十兵衛へ自らの首を差し出そうとするが、己の意思に反して謎の黒い影に憑依されてしまう。灰都と 十兵衛の死合が始まり、状況がわからず呆然と見守る東耶。灰都は強烈な攻撃を繰り返すものの、その切っ先は全てを見通したかのような十兵衛には届かない。十兵衛は剣士として灰都を堂々と圧倒していたが、ガイウス・J・カエサルから受けた傷が開き……。

12. 声が届くまで

A・アインシュタインは、自身以外に存在しないはずのアインシュタインを自称する廻り者アルベルト、そしてF・ナイチンゲールに隷属させられたI・ニュートンと相対する。 アルベルトはアインシュタインに「ナイチンゲールが休眠に入り、完全に無防備」であることを示唆し、「傷を一つでもつけることができたらナイチンゲールの本拠地の座標を教える」という挑発を仕掛けた。これ以上ないチャンスに、アインシュタインはゴッドフリード・V・ベルリヒンゲンたちとともに激突する。底知れぬ才能を 見せつけるアルベルトと、隷属により容赦なく攻撃をしかけてくるニュートンに対し、ベルリヒンゲンは打開策を打とうとするが……。

13. 輪廻の果てに

柳生十兵衛三吉から戦い方を仕込まれ『眼』を受け継いだ東耶は、黒い影に憑依された灰都を正気に戻すため死合を申し込む。十兵衛から仕込まれた剣技、我慢とはったりを武器に、耐え凌いでいるものの、舩坂弘志から受け継いだ『不滅の不死』にも限界が見え始め、精神力のみで支えている状態に。灰都は東耶の一瞬の隙をつき致 命傷を与え、この場を立ち去り二度と関わらないよう告げる。しかしそれでも東耶は立ち上がり、再び始まる灰都からの激しい斬撃を防ごうと奮闘する。幾度も切り飛ばされ、輪廻の枝を首に突き立て『不滅の不死』で再生し諦めず立ち上がるが、ついに不死の限界に達し、最期の死合が始まる。